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WordPress をコマンドラインで操作するCLIツール「WP-CLI」には、ファイルの改ざんをチェックする checksums というコマンドを使ってサイトの健康診断を行うことができます。
検証に使ったWordPress環境は以下の通りです。

WordPress Version: 6.8.1
WP-CLI Version: 2.10.0

前提条件

• WordPress サイトに SSH でアクセスできる
• WP-CLI がインストールされている

WordPress コアのファイルの内容をチェックするためのWP-CLIコマンド

入力するコマンド

wp core verify-checksums

出力例

Success: WordPress installation verifies against checksums.

公式ドキュメント

公式ディレクトリ上のプラグインの内容をチェックするためのWP-CLIコマンド

入力例

wp plugin verify-checksums pluginname

pluginname の部分は実際のプラグイン名に置き換えてください。
例えば、「Contact Form 7」の場合ですと、コマンドは以下のようになります。

wp plugin verify-checksums contact-form-7

出力結果

Success: Verified 1 of 1 plugins.

すべてのプラグインを対象にする場合

wp plugin verify-checksums --all

公式ドキュメント

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